สถาบันวิจัยและพัฒนาชายแดนภาคใต้ มหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา ตั้งอยู่ที่อาคาร 4 ชั้น 2 เป็นส่วนราชการหนึ่งของมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา ที่พัฒนามาจากศูนย์วิจัยและบริการการศึกษาและสำนักวิจัยและบริการวิชาการ ซึ่งตั้งขึ้นเป็นหน่วยงานเล็กๆ ตามภารกิจหน้าที่ของวิทยาลัยครูยะลา ก่อนมีพระราชบัญญัติ สถาบันราชภัฏยะลา พ.ศ. 2538 สำนักวิจัยและบริการวิชาการมีฐานะเป็นศูนย์วิจัยและบริการการศึกษา ต่อมาเมื่อรัฐบาลได้เสนอร่างพระราชบัญญัติสถาบันราชภัฏ พ.ศ. 2538 ประกาศใช้จึงเปลี่ยนชื่อ เป็นสำนักวิจัยและบริการวิชาการ ต่อมามีพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา พ.ศ. 2547 มาตรา 10 ให้มหาวิทยาลัยแบ่งส่วนราชการออกเป็น 7 ส่วนราชการ หนึ่งในส่วนราชการดังกล่าว ก็จัดตั้งสถาบันวิจัยและพัฒนาชายแดนภาคใต้ เพื่อทำหน้าที่ ส่งเสริมการวิจัย อาจารย์ ข้าราชการ บุคลากร นักศึกษา บริการทางวิชาการ ถ่ายทอดเทคโนโลยีและทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม สถาบันวิจัยและพัฒนาชายแดนภาคใต้ มหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา
โดยมีคณาจารย์ที่ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ ดังนี้
ปี พ.ศ. 2548 - 2552 ผู้ช่วยศาสตราจารย์ประยูร ดำรงรักษ์
ปี พ.ศ. 2552 - 2556 ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.ศุภลักษณ์ สินธนา
ปี พ.ศ. 2556 – 2560 ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.รุ้งลาวัณย์ จันทรัตนา
ปี พ.ศ. 2560 – 2564 ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.วิไลวัลย์ แก้วตาทิพย์
ปี พ.ศ. 2564 - ปัจจุบัน ผู้ช่วยศาสตราจารย์ จริยา สุขจันทรา
สำนักงานผู้อำนวยการ สถาบันวิจัยและพัฒนาชายแดนภาคใต้ มีหน้าที่เกี่ยวกับการดำเนินงานหลัก คือ งานส่งเสริมการวิจัยและข้อมูลท้องถิ่น ส่งเสริมและสนับสนุน อาจารย์ บุคลากร และนักศึกษา ของมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา จัดทำงานวิจัย อีกทั้งมีการจัดสรรทุนวิจัยให้ผู้ที่สนใจ งานพัฒนานักวิจัย งานบริหารจัดการคุณภาพงานวิจัย ส่งเสริมและสนับสนุนให้มีการการเผยแพร่งานวิจัยทั้งในระดับชาติ และระดับนานาชาติ
งานส่งเสริมการวิจัยและข้อมูลท้องถิ่น